Zwischen dem Justizministerium und den Justizvollzugsanstalten ist keine Mittelbehörde (Strafvollzugsamt) zwischengeschaltet. Jede Justizvollzugsanstalt ist einem bestimmten Referenten oder Referentin der Justizvollzugsabteilung zugeordnet, der die Dienstaufsicht über die Anstalt ausübt. Durch regelmäßige Besuche der Referenten oder Referentinnen in den Justizvollzugsanstalten, durch Prüfungen sowie durch schriftlichen und telefonischen Kontakt mit den Anstalten, insbesondere im Zusammenhang mit Eingaben von Gefangenen, sind ein guter Informationsaustausch, kurze Entscheidungswege und Praxisnähe sichergestellt.
Die Personalverwaltung erfolgt durch den Leiter der Justizvollzugsanstalt Karlsruhe, die zugleich die Räumlichkeiten zur Verfügung stellt. Die pädagogische und organisatorische Ausgestaltung des Jugendarrests obliegt einem Richter des Amtsgerichts Rastatt, der in Personalunion die Funktion des Vollzugsleiters wahrnimmt.
Die Jugendarrestanstalt Rastatt arbeitet mit einer Vielzahl externer Kräfte zusammen. Darüber hinaus bestehen enge Kooperationen mit dem Verein für soziale Rechtspflege – insbesondere den Bezirksvereinen Baden-Baden/Rastatt und Karlsruhe – sowie mit dem Verein für Jugendhilfe Karlsruhe.
Gemäß § 4 Abs. 3 JArrG ist die Einbeziehung geeigneter Ehrenamtlicher besonders zu fördern. Der Gesetzgeber verfolgt damit die Zielsetzung, junge Menschen nicht ausschließlich durch staatliche Stellen, sondern auch durch engagierte Personen aus der Gesellschaft zu erziehen und anzuleiten. Das ehrenamtliche Wirken stärkt die erzieherische Wirkung des Jugendarrests und fördert lebensnahe Orientierung sowie gesellschaftliche Verantwortung.